(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210487782.0 (22)申请日 2022.05.06 (71)申请人 中国科学院南海 海洋研究所 地址 511458 广东省广州市南沙区海 滨路 1119号 (72)发明人 陈廷　夏军红　胡超群　任春华　 孙彩云　艾春晖　刁德华　李文笙　 (74)专利代理 机构 广州科粤专利商标代理有限 公司 44001 专利代理师 刘明星　朱聪聪 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种斜带石斑鱼增养殖SSR标记及其检测引 物和应用 (57)摘要 本发明公开了一种斜带石斑鱼增养殖SSR标 记及其检测引物和应用。 SSR标记包括ECDSSR ‑ 01、 ECDSSR ‑02、 ECDSSR ‑03、 ECDSSR ‑04、 ECDSSR ‑ 05、 ECDSSR ‑06、 ECDSSR ‑07和ECDSSR ‑08。 本发明 基于基因组数据开发的SSR标记及引物， 该开发 的SSR标记比现有技术开发的标记多态性更高， 对9个个体进行遗传多样性 分析即获得 12个以上 的等位基因， 远高于现有技术对20个个体4～12 个等位基因的水平， 在对遗传 多样性较低的群体 (如增殖放流群体)进行评估时具有优势。 本发明 开发的SSR分子标记可用于斜带石斑鱼遗传 多样 性分析等领域， 为今后斜带石斑鱼种质资源调 查、 放流效果评估提供理论基础。 权利要求书2页 说明书6页 序列表3页 附图1页 CN 114921563 A 2022.08.19 CN 114921563 A 1.一种斜带石斑鱼的SSR标记， 其特征在于， 包括ECDSSR ‑01、 ECDSSR ‑02、 ECDSSR ‑03、 ECDSSR‑04、 ECDSSR‑05、 ECDSSR‑06、 ECDSSR‑07和ECDSSR‑08： 所述的ECDSSR‑01的核苷酸序列如SEQ  ID NO.1所示； 所述的ECDSSR‑02的核苷酸序列如SEQ  ID NO.2所示； 所述的ECDSSR‑03的核苷酸序列如SEQ  ID NO.3所示； 所述的ECDSSR‑04的核苷酸序列如SEQ  ID NO.4所示； 所述的ECDSSR‑05的核苷酸序列如SEQ  ID NO.5所示； 所述的ECDSSR‑06的核苷酸序列如SEQ  ID NO.6所示； 所述的ECDSSR‑07的核苷酸序列如SEQ  ID NO.7所示； 所述的ECDSSR‑08的核苷酸序列如SEQ  ID NO.8所示。 2.一种高效评估斜带石斑鱼种群遗传多样性的SSR标记检测引物， 其特征在于， 所述的 检测引物包括： 针对ECDSSR‑01位点： ECDSSR‑01‑F： 5’ ‑GTCCTCTGCTTTGGGCTGAA‑3’； ECDSSR‑01‑R： 5’ ‑GAGTCACTGCACACTGACGA ‑3’； 针对ECDSSR‑02位点： ECDSSR‑02‑F： 5’ ‑CCTGTTGGCTGACTTTGAGC‑3’； ECDSSR‑02‑R： 5’ ‑CTGGAAGGCCTGTTCAGTCA‑3’； 针对ECDSSR‑03位点： ECDSSR‑03‑F： 5’ ‑TACTGCAGCAC CACAGACTG ‑3’； ECDSSR‑03‑R： 5’ ‑TGAACAGGCTGGTCTGCTTT‑3’； 针对ECDSSR‑04位点： ECDSSR‑04‑F： 5’ ‑ACGCCATGCATGTC CATGTA‑3’； ECDSSR‑04‑R： 5’ ‑AGAGCCGCTTGTTCAAGAGG‑3’； 针对ECDSSR‑05位点： ECDSSR‑05‑F： 5’ ‑AGGGTCTGCCTCTCCATCAT‑3’； ECDSSR‑05‑R： 5’ ‑AGACAGGGATCACTGCA AGC‑3’； 针对ECDSSR‑06位点： ECDSSR‑06‑F： 5’ ‑GGGACAGGTGAGCAGATCAG ‑3’； ECDSSR‑06‑R： 5’ ‑CCCATGAGGTGTCACTAGTG G‑3’； 针对ECDSSR‑07位点： ECDSSR‑07‑F： 5’ ‑ATCCTTTATGCCAGGGCTGC‑3’； ECDSSR‑07‑R： 5’ ‑GCTCTTTGTCTGCCAACAGC‑3’； 针对ECDSSR‑08位点： ECDSSR‑08‑F： 5’ ‑GCTGTGGCTCCTCAGTCAT T‑3’； ECDSSR‑08‑R： 5’ ‑ATTTCCCACTCAGCGTGTGT ‑3’。 3.根据权利要求2所述的检测引物， 其特征在于， 所述检测引物的正向引物的5'端标记 有荧光基团。 4.根据权利要求3所述的检测引物， 其特 征在于， 所述的荧 光基团为FAM荧 光基团。权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 114921563 A 25.检测权利要求1所述的SSR标记的试剂在制备斜带石斑鱼群体遗传多样性分析及种 群鉴定的产品中的应用。 6.检测权利要求1所述的SSR标记或权利要求2所述的检测引物在制备用于斜带石斑鱼 群体遗传多样性分析及种群鉴定的试剂盒中的应用。 7.一种用于斜带石斑鱼群体遗传多样性分析及种群鉴定的试剂盒， 其特征在于， 试剂 盒包含权利要求2所述的检测引物。 8.一种高效评估斜带石斑鱼群 体遗传多样性的方法， 其特 征在于， 包括以下步骤： (1)收集斜带石斑鱼群 体样本， 提取斜带石斑鱼个 体DNA； (2)以步骤(1)提取的基因 组DNA为模板， 利用所述的检测引物进行PCR扩增； (3)对步骤(2)扩增的PCR产物进行分型； (4)对步骤(3)获得的分型 结果进行遗传多样性分析。 9.根据权利要求8所述的方法， 其特 征在于， 所述的PCR扩增， 其反应 体系25 μL， 包括： 不含Mg2+的10×PCR buffer 2.5 μL、 25mM  MgCl22.0 μL、 10mM  dNTP 0.5 μL、 高保真PCR酶 1U、 10 μM正向引物0.5 μL、 10 μM反向引物0.5 μL、 DNA模板12.5ng， 其余由无菌双蒸水补足至25 μL； 其反应程序为： 95℃预变性5分钟； 95℃变性30秒， 60℃退火30秒， 72℃延伸30秒， 共35 个循环； 72℃再延伸6分钟。 10.权利要求1所述的SSR标记、 权利要求2所述的检测引物、 权利要求7所述的试剂盒或 权利要求8所述的方法在斜带石斑鱼养殖种群遗传多样性分析、 地理群体鉴定或增殖放流 效果评估增养殖 方面的应用。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 114921563 A 3