(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210495676.7 (22)申请日 2022.05.09 (71)申请人 北京普康瑞仁医学检验所有限公司 地址 101300 北京市顺 义区南法信镇 顺平 路南法信段9号院1幢8层801室 申请人 普瑞基准科技 （北京） 有限公司 　 普瑞基准生物医药 （苏州） 有限公司 (72)发明人 季序我　边彩云　肖慧敏　王丽俊　 郑晓婉　 (74)专利代理 机构 北京动力号知识产权代理有 限公司 1 1775 专利代理师 梁艳 (51)Int.Cl. C12Q 1/6874(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种用于检测BRCA基因大片段重排的探针、 试剂盒及应用 (57)摘要 本发明公开了一种用于检测BRCA基因大片 段重排的探针、 试剂盒及应用。 针对BRCA1基因转 录本NM_007294.3中2 ‑23号外显子的蛋白编码 区、 BRCA2基因转录本NM_000059.3中2 ‑27号外显 子的蛋白编码区、 外显子 ‑内含子1‑20bp连接区、 BRCA1和BRCA2基因部分5 ’UTR序列和部分3 ’UTR 序列中的至少一个区域设计探针。 将该探针用于 检测BRCA基因的大片段重排， 具有检测速度快、 通量高、 灵敏度高、 效果好且成本低的优点， 解决 了现有技术在基因大片段重排检测中的通量低、 耗时长、 检测能力有限、 检测 效果差及成本高等 问题。 权利要求书1页 说明书15页 序列表33页 CN 114606303 A 2022.06.10 CN 114606303 A 1.一种用于检测BRCA基因大片段重排的探针， 其特 征在于， 所述探针为SED  ID No.1‑SED ID No.179所示的序列。 2.根据权利要求1所述的探针， 其特征在于， 所述BRCA基因大片段重排的区域包括 BRCA1基因转录本NM_007294.3中  2‑23 号外显子的蛋白编码区、 BRCA2基因转录本NM_ 000059.3中2 ‑27 号外显子的蛋白编码区、 外显子 ‑内含子1‑20bp 连接区、 BRCA1基因的部 分5’UTR序列GTTCATTGGAA CAGAAAGAA、 BRCA1基因的部分3 ’UTR序列CTGCAGCCAGCCACAGGTAC、 BRCA2基因的部分5 ’UTR序列GAGGAATATCGTAGGTAAAA、 BRCA2基因的部分3 ’UTR序列 GCATTTGCAAAGGCGACAAT中的至少一个区域。 3.一种用于检测BRCA基因大片段重排的试剂盒， 其特征在于， 所述试剂盒包括至少一 次用量的如权利要求1、 2任一所述的探针。 4.权利要求1、 2任一所述的探针或权利要求3所述的试剂盒在检测BRCA基因大片段重 排中的应用。 5.权利要求1、 2任一所述的探针或权利要求3所述的试剂盒在制备用于检测BRCA基因 大片段重排产品中的应用。 6.根据权利要求5所述的应用， 其特 征在于， 所述产品还 包括计算机软硬件。 7.权利要求1、 2任一所述的探针或权利要求3所述的试剂盒在制备用于检测BRCA基因 大片段重排相关疾病的产品中的应用。 8.根据权利要求7 所述的应用， 其特 征在于， 所述产品还 包括计算机软硬件。 9.一种检测BRCA基因大片段重排的方法， 其特 征在于， 包括： 提取检测样本的DNA， 构建DNA文库； 将权利要求1、 2任一所述的探针或权利要求3所述的试剂盒中的探针与所述DNA文库杂 交捕获， 获得杂交捕获文库； 对所述杂交捕获文库进行二代测序获得测序结果； 对所述测序结果进行生物学信息分析， 得到所述检测样本的BRCA基因大片段重排信 息。 10.根据权利要求9所述的方法， 其特 征在于， 所述检测样本为外周血细胞。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114606303 A 2一种用于 检测BRCA基因大片段重排的探针、 试剂盒及应用 技术领域 [0001]本发明涉及 基因检测技术领域， 尤其涉及一种用于检测BRCA基因大片段重排的探 针、 试剂盒及应用。 背景技术 [0002]基因的大片段重排(Large  Genomic Rearrangements， LGR)指一个或多个外显子 的重复或缺失。 重排类型大部分为缺失， 也存在二倍、 三倍重复等， 这些变异通常会引起读 码框偏移， 导致蛋白结构与功能的异常。  BRCA基因的LGR致病性变异在所有的BRCA基因致 病性变异中占比较高， 携带BRCA基因致病性变异的人群具有较高的肿瘤及遗传疾病的风 险。 因此， 除了进行常规的NGS检测  (SNV， INDEL)外， 还应进行LGR检测， 以便制定合理的管 理和治疗措施。 [0003]目前， BRCA基因大片段重排的检测方法主 要包括以下几种： 1、 Southern  Blotting技术： 是一种检测基因片段的拷贝数变化的方法， 但是费 力、 耗时、 消耗DNA量大、 可能出现假阳性结果。 [0004]2、 实时荧光定量PCR(real ‑time PCR)技术： 该方法可同时扩增和 定量目的DNA片 段， 但通量过低， 不 适用于筛查整个 基因。 [0005]3、 双色荧光原位杂交(dual ‑color FISH)技术： 通常用于检测染色体内的插入、 缺 失、 扩增、 倒置和染色易位， 仅适用于大片段的染色体异常检测， 不适用于基因的大片段重 排检测。 [0006]4、 比较基因组杂交技术(comparativ e genomic hybridization, CGH)： 是一种检 测DNA拷贝 数的分子细胞遗传学方法， 是检测整个基因重排情况的有效方法， 但对于基因内 LGR检测的灵敏性低。 [0007]5、 多重链接依赖探针扩增技术(multiplex  ligation ‑dependent  probe  amplification,  MLPA)： 目前应用最广泛的检测基因DNA序列拷贝数异常的方法， 也是目前 检测BRCA大片段重排最常用的方法。 MLPA法敏感、 可靠、 DNA用量少。 然而， 该方法的缺陷在 于通量较低， 一次只能检测一个基因， 并且探针试剂盒昂贵， 对实验条件要求高， 比如： 对于 核酸样本的纯度要求较高， 样 本中含有酒精、 金属离子、 苯酚和Tr izol等都会影响MLPA的检 测结果。 另外， 当探针结合位点DNA序列发生单碱基变异(SNV)时， 容易产生假阳性的结果。 因此临床上检测到单外显子缺失(Exon  deletion)， 需要进一步确认是否是由SNV引起的假 阳性。 MLPA对外显子重复的检测性能较差： 重复的信号水平相较缺 失低， 在采样数据点少且 高噪音的背景 下难以判定是否为真实的重复变异。 [0008]6、 多重扩增子定量  (Multiplex  Amplicon  Quantification， MAQ)和扩增子测序 (Amplicon ‑Seq)技术： 基于多重扩增技术的方法， 这类方法受限于扩增子(amplicon)的数 量， 每个外显子只能设计1到2个扩增子， 使 得每个外显子的数据采样点只有1个或2个。 而样 本需要历经采集、 运输、 核酸抽提、 实验反应等多个环节， 各环节在不同条件下累积的噪音 水平不同， 使得实验数据的噪音水平差别很大， 导致一些样本不能满足大片段重排检测的说　明　书 1/15 页 3 CN 114606303 A 3