(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210540801.1 (22)申请日 2022.05.17 (71)申请人 上海师范大学 地址 200233 上海市徐汇区桂林路10 0号 (72)发明人 赵国超　李建粤　王彤　谢水锋　 宗士鹏　 (74)专利代理 机构 上海唯智赢专利代理事务所 (普通合伙) 31293 专利代理师 吴瑾瑜 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 水稻直链淀粉含量基因ACF1等位基因的分 子标记及其检测的引物和方法 (57)摘要 本发明公开了一种能够针对软米水稻低直 链淀粉含量调控基因ACF1进行筛选的分子标记 及扩增AC F1基因分子标记的引物及检测方法。 检 测方法为： (1)提取水稻总DNA作为模板， 加入上 述引物进行PCR扩增； (2)取PCR产物进行限制性 核酸内切酶MaeII消化； (3)酶切产物 凝胶电泳检 测。 本发明可直接对水稻低直链淀粉含量调控基 因ACF1进行检测， 为快速有效地实现培育优质软 米水稻新品种奠定 基础。 权利要求书2页 说明书7页 序列表1页 附图1页 CN 115125319 A 2022.09.30 CN 115125319 A 1.一种水稻直链淀粉含量基因ACF1等位基因的分子标记， 其特征在于， 在低直链淀粉 含量的软米水稻中， 其ACF1基因编码区655bp ‑658bp处为ACGT； 在中直链淀粉含量的非软米 水稻中， ACF1基因编码区6 55bp‑658bp处为GCGT。 2.一种检测水稻直链淀粉含量基因ACF1等位基因的引物， 其特征在于， 其核苷酸序列 包括SEQ ID No.1和SEQ ID No.2。 3.根据权利要求2所述检测水稻直链淀粉含量基因ACF1等位基因型的引物， 其特征在 于， 其核苷酸序列如SEQ  ID No.1和SEQ ID No.2所示。 4.一种检测水稻低直链淀粉含量基因ACF1等位基因的方法， 其特征在于， 包括以下步 骤： (1)以水稻总DNA为模板， 用权利要求2或3所述的引物进行PCR扩增； (2)将步骤(1)的产物用Mae Ⅰ酶切； (3)将步骤(2)的酶切产物用凝胶电泳检测。 5.根据权利要求4所述检测水稻低直链淀粉含量基因ACF1等位基因的方法， 其特征在 于： 水稻总DNA来源于AC F1655A软米等位基因型软米 水稻时， 酶切产物含有分子量约为231bp 和82bp的两种条 带； 水稻总DNA来源于ACF1655G非软米等位基因型水稻时， 酶切产物为分子量约313bp的条 带； 水稻总DNA来源于ACF1655G非软米等位基因型水稻与ACF1655A软米等位基因型水稻杂交 后代的杂合子水稻时， 酶切产物含有约分子量 为313bp、 231bp和82bp三种条 带； 水稻总DNA来源于ACF1655A软米等位基因型水稻与ACF1655G非软米等位基因型水稻杂交 F1植株再自交的后代水稻时， 纯合ACF1655A软米等位基因型水稻含有分子量约为231bp和 82bp两种条带； 杂合子含有分子量约为313bp、 231bp和82bp三种条带； 纯合ACF1655G非软米 等位基因型 水稻含有分子量约为313bp的一种条 带； 水稻总DNA来源于纯合ACF1655A软米等位基因型水稻与纯合ACF1655G非软米等位基因型 水稻杂交F1植株再与纯合ACF1655G非软米等位基因型水稻回交的后代水稻时， 纯合ACF1655G 非软米等位基因型水稻含有分子量约为312bp一种条带； 杂合子含有分子量约为313bp、 231bp和82bp三种条 带。 6.根据权利要求4所述检测水稻低直链淀粉含量基因ACF1等位基因的方法， 其特征在 于， 步骤(1)中， PCR扩增程序为： 93～95℃预变性4～7min； 93～95℃变性42～50s、 51～54 ℃退火42 ～50s、 70～73℃延伸25～3 5s， 共30～35个循环； 最后70～73℃延伸9 ～12min。 7.根据权利要求4所述检测水稻低直链淀粉含量基因ACF1等位基因的方法， 其特征在 于， 步骤(1)中， PCR扩增程序为： 94℃预变性5min； 94℃变性45s、 52℃退火45s、 72℃延伸 30s， 共32个 循环； 最后72℃延伸10mi n。 8.根据权利要求4所述检测水稻低直链淀粉含量基因ACF1等位基因的方法， 其特征在 于， 步骤(2)中， 酶切的反应条件为6 5℃下反应3～6小时。 9.根据权利要求4所述检测水稻直链淀粉含量基因ACF1等位基因的方法， 其特征在于， 步骤(3)中， 所述的凝胶为2.5～3.5％琼脂糖凝胶。权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 115125319 A 210.权利要求1所述的水稻低直链淀粉含量基因ACF1的分子标记、 权利要求2或3所述的 引物或者权利要求 4‑9任一项所述的方法在培 育或筛选软米水稻方面的应用。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 115125319 A 3